De geschiedenis van Garnwerd gaat terug tot in de prehistorie. In deze tijd vestigden zich voor het eerst mensen in het vruchtbare kustgebied van het huidige Nederland. Als bescherming tegen de regelmatige overstromingen bij hoogwater wierpen deze eerste bewoners vluchtheuvels op. Op veel van deze zogenaamde wierden of terpen werden dorpen gebouwd, en Garnwerd is een typisch voorbeeld van zo’n wierdedorp. Garnwerd lag oorspronkelijk op een schiereiland tussen het Reitdiep en het Aduarderdiep. Deze wateren waren toen brede zoute zeearmen. De naam van restaurant Garnwerd aan Zee herinnert nog aan deze tijd.
In 1629 werd het Reitdiep gekanaliseerd. Het nieuwe kanaal sneed Garnwerd doormidden, en er moest een veer komen om de oostkant van het dorp, het huidige Klein Garnwerd, te verbinden met de westkant. Door de aanleg van het kanaal kwam Garnwerd direct aan de vaarverbinding tussen Groningen-Stad en de zee te liggen,
In 1933 werd de huidige ijzeren ophaalbrug over het Reitdiep gebouwd en werd het veer overbodig. Met de aanleg en latere verbreding van het Eemskanaal werd het Reitdiep als scheepvaartroute minder belangrijk en Garnwerd kreeg toen zijn huidige rol als centrum voor toerisme en recreatie. De bekende wandelroute Pieterpad loopt langs de brug van Garnwerd, daarnaast lopen er vele fietsroutes door Garnwerd en dit geeft een gezellige sfeer bij de brug en de molen van Garnwerd.